Berdasarkan target prioritas nasional yang tercantum pada Rencana Pembangunan Jangka Menengah Nasional (RPJMN) 2020-2024 target jumlah Kabupaten/Kota yang mencapai eliminasi malaria sebanyak 405 Kabupaten/Kota pada tahun 2024. Target kasus penularan setempat (Indigenous) terakhir pada tahun 2026. Seluruh Kabupaten/Kota di Indonesia ditargetkan bebas malaria pada tahun 2028. Dan seluruh Provinsi ditargetkan bebas malaria pada tahun 2029. Sehingga Eliminasi Malaria Nasional dapat tercapai pada tahun 2030.