Kebijakan Program Pengendalian Malaria bertujuan mencapai eliminasi malaria di lndonesia tahun 2030. Kebijakan dan strategi dalam pengendalian malaria telah dirancang dalam beberapa kegiatan sebagai upaya untuk mencapai eliminasi malaria tersebut. Target eliminasi malaria di Indonesia saat ini sudah on track, dari target yang ditetapkan secara nasional dan yang terdapat dalam Rencana Strategis Jangka Menengah Nasional 2020-2024. 

Sampai tahun 2024 (per-bulan Mei) tercapai 398 kab/kota yang sudah bebas malaria dari 514 kabupaten kota yang ada. Diharapkan pada akhir tahun 2024 nantinya bertambah 7 kabupaten kab/kota yang akan di berikan sertifikat bebas malaria sehingga mencapai target 405 kab/kota bebas malaria di tahun 2024. 

Tantangan yang saat ini masih dihadapi adalah masih tingginya kasus malaria yang dilaporkan dari wilayah Papua dan banyaknya daerah endemis tinggi di kawasan tersebut, serta cukup tingginya kasus malaria pada populasi/kelompok berisiko seperti pada kelompok pekerja tambang, pekerja hutan maupun personel TNI/POLRI yang berpindah demikian juga peda kelompok rentan seperti ibu hamil dan balita. Permasalahan yang ditemukan di lapangan adalah kasus malaria yang tidak terdeteksi ataupun terlambat ditemukan terutama pada populasi berisiko karena moblitas dan akses ke fasilitas pelayanan kesehatan yang cukup jauh, pilihan pengobatan malaria dan pengobatan pencegahan malaria pun masih sangat terbatas pada satu pilihan jenis saja. Pada tahun 2023, jumlah kasus malaria di Indonesia dilaporkan sebanyak 418.546 kasus, dengan Annual Parasite Incidence (API) sebesar 1,6 kasus per 1.000 penduduk. Jumlah pemeriksaan suspek malaria sebanayk 3.464.738, dengan positivity rate (PR) adalah 12,08% dan Provinsi Papua menyumbang hingga 91% total kasus malaria di Indonesia. Dalam rangka mencapai target Indonesia Bebas Malaria tahun 2030, Kementerian Kesehatan Republik Indonesia merancang strategi upaya percepatan yang dilakukan secara bertahap yaitu menurunkan kasus malaria secepatnya dengan menerapkan strategi intervensi khusus.

Strategi ini akan dimasukkan ke dalam rancangan Rencana Aksi Nasional Eliminasi Malaria di Indonesia 2024-2026, rancangan intervensi khusus yang dipertimbangkan adalah pemberian obat pada populasi berisiko, pemberian pengobatan pencegahan pada personel TNI/POLRI yang bertugas di daerah endemis tinggi malaria, pemberian pengobatan pencegahan malaria secara berkala pada ibu hamil secara kusus di daerah endemis tinggi. Kelompok Kerja (Pokja) Diagnosis dan Pengobatan berfungsi melakukan kajian dan memberikan bahan pertimbangan serta rekomendasi dalam hal kebijakan pengobatan. Kelompok kerja ini mempunyai agenda tahunan yang bertujuan membahas isu-isu terkait penatalaksanaan malaria, usulan kajian maupun melakukan analisa terhadap kendala yang dijumpai di lapangan. Kelompok Kerja Diagnosis dan Pengobatan ini sebagai salah satu wadah yang beranggotakan klinisi, pemerhati malaria dan ahli epidemiologi malaria. Pada pertemuan Pokja ini akan didiskusikan terkait strategi intervensi khusus yang akan digunakan sebagai upaya mempercepat eliminasi malaria. Melalui diskusi dan pertemuan Pokja Diagnosis dan Malaria diharapkan mendapat rekomendasi yang dapat digunakan sebagai salah satu rujukan untuk kebijakan dalam tatalaksana malaria termasuk pembaharuan dalam pengobatan malaria.