Diagnosis malaria dapat dilakukan dengan pemeriksaan laboratorium dengan mikroskop dan uji diagnostic cepat (Rapid Diagnostic Test/RDT)

Apabila merasakan Gejala Malaria seperti diatas, dapat mengunjungi Puskesmas terdekat untuk konfirmasi diagnosa. Jika benar terdiagnosa malaria, pasien akan mendapatkan obat di puskesmas tersebut. Selain Puskesmas tersedia juga di Rumah sakit Daerah terdekat secara Gratis

Obat Anti Malaria (OAM) kombinasi yaitu Artemisinin based Combination Therapy (ACT) dan Primaquine. ACT yang digunakan oleh program saat ini adalah DHP (kombinasi Dihidroartemisinin dan piperakuin dalam satu dosis) namun apabila sudah termasuk ke kategori malaria berat, digunakan Artesunat Injeksi

1. Adanya gejala Malaria
2. Adanya riwayat bepergian ke daerah endemis malaria selama satu bulan terakhir
3. Adanya riwayat digigit nyamuk pada malam hari karena nyamuk Malaria hanya menggigit pada malam hari di daerah endemis malaria
4. Adanya riwayat sakit Malaria

Sering disebut dengan trias malaria yaitu, Demam, menggigil, dan berkeringat. 

Dan juga dapat disertai sakit kepala, mual, muntah, diare dan nyeri otot atau pegal–pegal (gejala lokal spesifik)

Malaria dapat mengakibatkan :

1. Anemia, yaitu terjadinya kekurangan darah pada penderita malaria karena sel-sel darah merah banyak yang hancur dirusak oleh plasmodium. Anemia juga menyebabkan daya tahan tubuh menurun sehingga mudah terkena infeksi penyakit lain. 
2. Malaria pada Ibu hamil dapat menyebabkan prematur, bayi lahir mati, bayi lahir dengan berat badan rendah (BBLR), dan Ibu hamil dapat meninggal. 
3. Manifestasi Malaria berat dapat berupa demam tinggi, penurunan kesadaran, koma, pendarahan spontan, kegagalan multi organ sampai menyebabkan kematian

• Malaria Falcifarum disebabkan oleh Plasmodium falcifarum. Jenis malaria ini dapat berkembang menjadi malaria dengan komplikasi yang menyebabkan kematian 
• Malaria Vivaks disebabkan oleh Plasmodium vivax. Malaria vivax dapat menyebabkan anemia kronik serta bertahan hidup di dalam hati sehingga dapat menimbulkan kekambuhan atau Relaps. Selain itu jenis plasmodium ini juga dapat berkembang menjadi malaria dengan komplikasi. 
• Malaria Ovale disebabkan oleh Plasmodium ovale. Manifestasi klinis bersifat ringan 
• Malaria Malariae disebabkan oleh Plasmodium malariae 
• Malaria Knowlesi Disebabkan oleh Plasmodium knowlesi yang berasal dari monyet ekor panjang, ditularkan melalui gigitan nyamuk. Malaria knowlesi juga dapat berkembang menjadi malaria dengan komplikasi.